追記

結局Evernoteを外したら状況は改善したものの、やはり時々同じ不具合が発生することが分かった。で、その後また段々不具合が出る頻度が上がって来て、色々眺め回した結果ちょっと古いVirtualBoxをインストールしていたことに気付いた。これがVBoxUSB.kextとVBoxDrv.kextという二つのカーネルエクステンションをインストールしていることに気付いたので、外してみた。今度はもう３日ほど安定している。これで治ると良いのだが。